科技成果登记证书一般通过国家科技成果在线登记系统申请。具体申请流程如下：

获取账号：首次办理科技成果登记的单位或个人，需联系所在地科技成果登记站分配账号。

登录系统：登录国家科技成果在线登记系统。

填写信息与上传材料：根据系统提示填写科技成果相关信息，如成果概况、成果立项、评价情况等，并上传必要的证明材料。不同类型成果所需材料不同，具体如下：

应用技术成果：需提供相关的评价证明（如评价证书、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等）和研制报告；或者知识产权证明（如专利证书、植物品种权证书、软著等）和用户证明。

基础理论成果：需提交学术论文、学术专著、本单位学术部门的评价意见和论文发表后被引用的证明。

软科学研究成果：需提供相关的评价证明（如软科学成果评审证书或验收报告等）和研究报告。

提交申请：填写并上传完毕后，将申请提交至登记站。

审查：登记站对申请材料进行初审，初审通过后提交至省级科技管理部门或相关主管部门进行复审。

公示：复审通过的科技成果，会在相关网站上进行公示，公示期一般为 30 日左右。

生成证书：公示期满无异议的，系统将在线生成科技成果登记证书，申请人可自行下载打印。

此外，部分地区有本地的科技成果登记系统，如河南省的河南省科技成果登记系统。具体申请流程可咨询当地科技管理部门或访问当地科技部门官方网站查询相关通知和指南。