申请 AEO 认证，海关方面不收取任何费用 。无论是 AEO 认证流程本身，还是海关开展的信用培育工作，都不会向企业收取费用。海关将依据通用标准以及企业经营所涉及的海关业务类型对应的单项标准进行认证，单项标准包含加工贸易及保税进出口业务、卫生检疫业务、动植物检疫业务、进出口食品业务、进出口商品检验业务、代理报关业务、快件运营业务、物流运输业务、跨境电子商务平台业务和外贸综合服务业务等 10 项不同类型的海关业务 ，全程不产生官方收费。

不过，企业为满足 AEO 认证要求，往往需投入一定成本 。这些成本主要集中在内部整改方面：

系统升级：企业若要满足 AEO 认证在数据管理、信息安全等方面的要求，可能需对自身的报关系统、仓储管理系统、财务管理系统等进行升级。例如，优化报关系统以实现更精准、高效的报关数据录入与传输，确保数据的准确性与及时性，这一过程涉及软件购买、系统调试等费用，花费从几万元到数十万元不等，具体依企业原有系统基础和升级需求复杂程度而定 。

人员培训：AEO 认证对企业人员在海关法律法规、内部管控流程、风险管理等方面的知识与技能有较高要求。企业需组织相关培训，如邀请海关专家或专业培训机构讲师开展讲座，培训内容涵盖海关政策解读、认证标准剖析、内部流程操作规范等。培训费用包括讲师授课费、资料费等，一次全面的培训，费用可能在数千元到数万元之间 。若企业多次组织不同层级、不同内容的培训，累积费用会更高。

部分企业还会选择聘请第三方辅导机构协助认证 。第三方辅导机构能为企业提供专业的认证咨询、流程梳理、模拟审核等服务，帮助企业更高效地准备认证。第三方辅导费用一般在 5 万 - 20 万元，具体收费因机构知名度、服务内容深度和广度、企业规模及复杂程度而异 。规模较大、业务复杂的企业，可能需要第三方机构投入更多精力，费用相对较高；而规模较小、业务较单一的企业，费用则会低一些。

总体而言，虽然申请 AEO 认证本身无官方申请费，但企业需综合考虑内部整改及第三方辅导（若有）等成本，这些成本投入有助于企业达到 AEO 认证标准，获取认证后，企业在通关便利、减少担保金要求、享受汇总征税等方面能获得诸多实惠，从长期看有利于企业降低运营成本、提升竞争力 。